莿桐古稱「莿桐巷」，清朝以前刺桐叢生，人煙絕跡，先民到此墾荒，擇一小巷建屋成村，刺桐樹綠布全巷，故取名為莿桐巷。
《諸羅縣志》記載「打馬辰陂」，即源由虎尾溪分支流出灌溉孩沙里，莿桐、饒平厝，直至西螺一帶。由此可知在康熙年間，已經有相當的開墾地。又乾隆年間，閩人真、張、王等姓開拓樹子腳、頂麻園、湖子內等地。清光緒13年（1887年）成立雲林縣，本鄉莿桐、孩沙里、新莊、番子、甘厝劃屬西螺堡，新庄、湖子 內、 頂麻園、後埔、樹子腳、大埔尾、油車等地則隸屬溪州堡。
民前十四年，實施縣制，隸屬溪州廳、西螺堡、樹子腳區，日治時期開闢縱貫公路，地方漸漸繁榮，民國九年改為台南州斗六郡莿桐庄，因政府文書作業的簡略，改稱「莿桐」。民國三十四年本省光復，至民國三十五年改為台南縣莿桐鄉；民國三十九年行政區域重新調整，改隸雲林縣莿桐鄉。